看来楼主对来泰国做的工作都非常充足，问题非常有针对性~
首先楼主要特别注意的是到达曼谷的机场和从曼谷飞普吉岛的几场是不是同一个机场， 因为曼谷有两个机场，素旺那蓬和廊曼机场。 两个机场之间有30多公里的距离。
其次看看楼主的问题：
问题一、
6月2号
到达普吉后入住一晚，
3、4号PP岛住2晚，5号PP岛到帝皇岛一日游回普吉（PP岛能直接帝皇岛一日游再回普吉吗？还是必须先到普吉再去PP岛一日游？），6号普吉这样安排，还是到普吉后直接坐船去PP住2晚再回普吉住3晚。哪个计划更合理？
皮皮岛可以直接到达皇帝岛，如果已经预先定好了皇帝岛的酒店，会可以在皮皮岛搭乘酒店专用船到达皇帝岛，如果没有定皇帝岛的酒店，可以在皮皮岛的旅行社购买到达皇帝岛的船票，个人认为没必要先到普吉岛再去皇帝岛，这样麻烦了。先到普吉岛再去皮皮岛比较好，因为飞到普吉岛很累了，需要先休息一下。
问题二：
D2：D3：D4：D5 （3号-6号）不知道怎么安排好，普吉和pp有哪些必玩项目。个人很喜欢水，要是能一直游泳就最好了。
第二天楼主是在普吉岛，楼主当天要做的事情是先到路上的旅行社购买到达普吉的船票。其次就可以在普吉芭东海滩随便玩玩，一些海上项目，或者是一些半日游行程，比如丛林骑大象，丛林探险等等，路边旅行社都可以报名，晚上可以看看普吉的西蒙秀或者缤纷暹罗（siam niramit),这些都非常精彩。
3号和4号在普吉，考虑到楼主是自己一个人，可以到旅行社拼长尾船船出海， 皮皮岛周边的小海滩都是非常美的，尤其是玛雅湾和蛋岛。
5号去到皇帝岛的话就可以随便一些在海滩晒晒太阳，游泳，做个海边按摩神马的，轻松一些。
6号就回程普吉，准备回城。 问题三：
D6: 6月7日上午8：30-9：55 普吉-曼谷。定完这个时间的机票就后悔了，觉得应该6号晚上就回曼谷的，这样在曼谷会多出一个上午的时间出来。曼谷我想去大皇宫等寺庙景点，请问7号一下午能走完吗？我第二天想去逛周末市场。
7号到达曼谷之后，先到酒店寄存好行李然后火速出发游览大皇宫和周边卧佛寺，黎明寺等寺庙，时间是完全Ok的，但是一定要先游览大王宫，因为大王宫下午3点半后就不售票了。
问题三：
D7：6月8日安排逛周末市场，需要一天还是准备半天？周末市场是不是就是水上市场？水上市场没兴趣。如果半天的话，还想去骑大象。。。。晚上坐珍珠号。
周末市场不是水上市场，个人建议可以早上去水上市场下午再逛周末市场，水上市场还是挺有特色的。不过去水上市场的路程比较麻烦，楼主懒的话可以不去。不过水上市场的周边可以骑大象，也建议楼主在普吉就可以骑大象了。
希望以上解答可以回答楼主的疑惑~
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